In der japanischen Großstadt Yokohama lebt der elfjährige Kenta Yumiya, Besitzer des Beyblades Flame Sagittario
und ein begeisterter Blader. Kurz nach einen Match wird er von ein paar
Schlägertypen aufgehalten, die sich Face Hunters nennen. In diesem
Moment wird er vom zwölfjährigen Gingka Hagane gerettet, dessen Beyblade
Storm Pegasus heißt. Daraufhin wird Gingka vom Anführer der Face
Hunters, dem dreizehnjährigen Kyōya Tategami (Rock Leone),
herausgefordert. Knapp kann Gingka den Sieg für sich entscheiden.
Inzwischen freunden sich Gingka und Kenta mit der zwölfjährigen
Technikfanatikerin Madoka Amano an. Kyōya jedoch möchte unbedingt eine
Revanche gegen Gingka. Ein mysteriöser Mann namens Doji mit dem Bey Dark
Wolf von einer Organisation namens DNO (Dark Nebula Organisation)
verspricht Kyōya ein gut ausgestattenes Training. Im Gegenzug möchte er
von ihm einen Sieg gegen Gingka sehen. Währenddessen stellt sich Gingka
in Yokohama weiteren Gegnern wie Hikaru Hasama mit dem Bey Storm Aquario
und Tetsuya Watarigani mit dem Bey Mad Gasher entgegen, die er alle
besiegt. Plötzlich kehrt Kyōya völlig verändert nach Yokohama zurück. Er
löst die Face Hunters auf, zerstört ihr Hauptquartier im Hafen und
kämpft Kenta und seinen ehemaligen Freund Benkei beinahe
krankenhausreif.Kenta bringt Benkei in Madokas Wohnung, wo er Gingka bittet, Kyōya den wahren Sinn des Beyblade-Sports zu zeigen. Als die beiden erneut gegeneinander antreten, stellt sich heraus, dass Kyōya anscheinend einer Gehirnwäsche unterzogen wurde, die ihn reizbar, aggressiv und bösartig gemacht hat. Gingka kann Kyōya erneut besiegen, worauf Doji auftaucht. Er schleudert Kyōya mit seinen Beyblade Dark Wolf gegen die Stadionswand, wo er bewusstlos liegen bleibt. Gingka ist nach den Vorfall mit Doji verschwunden. Madoka hat Kyōya bei sich zu Hause wieder gesund gepflegt, worauf er sich wieder normal verhält. Als plötzlich Gingka auftaucht, ist wiederum Kyōya verschwunden. Gingka erzählt Kenta, Madoka und Benkei das er Doji und die DNO von früher kennt.
Als die vier in das DNO Hauptquartier an der Küste Japans eindringen wollen, bekommen sie unerwartet von Kyōya Unterstützung. Im Gebäude treffen sie auf Doji und einen siebzehnjährigen Jungen namens Ryūga der den einzigartigen linksdrehenden Bey Lightning L-Drago besitzt. Gingka hasst Rayuga. Gingka kämpft mit ihm, doch kann ihn nicht besiegen. Darauf kehren sie nach Yokohama zurück, begleitet von Kyōya. Kurz darauf verschwindet Gingka und hinterlässt einen Brief, in dem er schreibt, dass er sich auf den Weg in seine Heimat, der Kleinstadt Comaville, gemacht hat, um seine Beyblade-Fähigkeiten zu verbessern.
Kenta, Madoka, Benkei und Kyōya suchen darauf nach Gingka und müssen feststellen, dass die Stadt Comaville offiziell gar nicht existiert. Darauf fahren sie in die Berge und suchen dort weiter. Nach einen Streit zwischen den vier trennen sie sich in Zweiergruppen und erreichen dank des vierzehnjährigen Hyoma mit dem Bey Rock Aries Comaville doch noch. Ein Hund namens Hokuto sagt ihnen, dass Gingka auf den Fuji gestiegen ist, um seine Kraft zu verbessern. Nach einen langen und beschwerlichen Aufstieg findet Gingka schließlich eine Höhle mit einem Brief von seinem Vater. So steigt er von dem Berg hinunter und trifft dabei auf die anderen fünf. Zusammen verbringen sie noch einige Tage in Comaville und kehren schließlich nach Yokohama zurück. Hyoma bleibt mit Hokuto in Comaville.
Die internationale Beyblade-Organisation WBBA (World Beyblade Battle Assiocation) veranstaltet darauf einen sogenannten Überlebenskampf auf einer verlassenen Insel weit draußen im Pazifik. Die Blader treten gegeneinander an und derjenige, der am Ende übergeblieben ist, bekommt von der WBBA einen Wunsch erfüllt. Die DNO schicken ebenfalls einen Blader auf die Insel: Den zehnjährigen Yu Tendo mit dem Bey Flame Libra, der lange Zeit allein in der Wüste von Nevada gelebt hat. Er freundet sich mit Kenta an und gewinnt den Überlebenskampf.
Yus Wunsch ist die Teilnahme am Battle Bladers, ein Turnier der DNO, bei den der beste Blader Japans bestimmt wird. Alle Blader, die teilnehmen, müssen in ganz Japan an verschieden Qualifikationskämpfen teilnehmen. Um sich zu Qualifizieren brauch man 50.000 Beypunkte. Darauf trennen sich die Hauptfiguren. Madoka geht zurück nach Yokohama, um alle von dort aus zu unterstützen. Gingka macht sich auf den Weg nach Köbe und Kenta geht nach Ösaka. Gingka trifft dabei auf Tsubasa Otori mit dem Bey Earth Eagle und Kenta auf Sora Akasuki, beide sind ebenfalls Blader. Sora der Gingka in allen belangen gleich sein will begreift, dass er einen eigenen Kampfstiel, der zu seinem Bey passen muss, entwickeln muss.
Als die Qualifikationskämpfe vorbei sind und sich die Spieler Gingka, Kyoya, Hyoma, Kenta, Benkei und die besten Blader der DNO als einzige noch im Turnier sind, gibt die DNO überraschend bekannt, dass das Turnier nicht wie geplant in Kyöto, sondern in Tokio stattfinden wird. Die dortige Tokyo Bey Arena befindet sich direkt neben den Zwillingswolkenkratzern des DNO Centers, sodass Doji und Ryuga das gesamte Turnier überblicken und beobachten können. Als bis auf Gingka und Ryuga alle anderen Kandidaten ausgeschieden sind, stellt sich heraus, dass der mysteriöse Phöenix, der davor schon öfters aufgetaucht ist, Gingkas verschollen geglaubter Vater ist. Im Finalkampf zwischen Gingka und Ryuga scheint L-Drago Ryuga körperlich zu übernehmen. Gingka aber kann L-Drago mit einer neuen Technik endgültig auszuschalten, worauf jedoch Pegasus sich in Staub auflöst.
In der Fortsetzung Beyblade Metal Masters suchen Ginga und seine Freunde den Legendären Bey Galaxy Pegasus. Er ist in einem Felsen eingeschlossen und Ginga ist der Einzige der in herausziehen kann. Schnell wird klar sie passen zusammen, doch Ginga weiß ihn noch nicht zu kontrollieren. Der hartnäckige Blader Masamune mit dem Bey Ray Striker fordert ihn immer wieder heraus und verliert immer erbärmlich. Doch nach einen harten Training gelingt es ihm Ginga zu schlagen.
Das neue größte Event in der Beyblade Welt steht bevor. Die Weltmeisterschaft. Die Blader die das Japanische Team vertreten sind Ginga (Galaxy Pegasus), Masamune (Ray Striker), Tsubasa (Earth Eagle) und Yu (Flame Libra). In der 1. Runde treten sie gegen das Chinesische Team an. Im ersten Match gewinnt Ray Striker gegen Virgo. Das zweite Match bestreiten Earth Eagle und Thermal La Serta. Es sieht schlecht für Tsubasa aus doch dann rastet er aus. Explosionen verwüsten das Stadion und für La Serta sieht es nach einem bitteren Ende aus doch als der total ausgerastete Tsubasa ihm den vernichtenden Schlag verpassen will rast sein Bey ins Arenaaus. Im letzten Kampf stehen sich Galaxy Pegasus und Rock Zurufa gegenüber. Es sieht schlecht für Galaxy Pegasus aus da Zurufa eine Gummihülle um sich herumträgt. Erst als er ihm mit einem sehr starken Angriff versetzt der das Gummi kaputt machte, konnte als seine Kräfte vereinen um den Sieg für sein Team zu holen.
In der zweiten Runde stehen sie dem russischen Team gegenüber, das zwar schlecht ist, aber die Arena zu ihrem Vorteil umgestaltet. Für Yu und Ginga wird es am Ende doch noch einfach und sie holen den Sieg für Japan. In der dritten Runde stehen sie dem starken Team von Afrika gegenüber, das von Kyoya angeführt wird. Den ersten Kampf bestreiten Nile und Masamune. Nile ist unglaublich stark und gewinnt das Match. Das zweite Match wird von Ginka und Kyoya bestritten. Beide Blader werden ohnmächtig und es endet mit einem Unentschieden.
Gegen Benkei und Damure holen Tsubasa und Yu den Sieg. Schließlich gewinnt das Team Gang Gang Galaxy auch den Kampf von Ginga und Masamune gegen Kyoya und Nile und steht im Finale der Gruppe A gegen Team Exkalibur oder Wang Hu Jong. Mit der zeit stellt sich heraus dass Dr.Ziggurat, der Leiter des Teams Starbreaker, zu denen auch Masamune's Freund Zeo gehört, Daten über L-Drago und Pegasus sammelt, um den mächtigsten aller Beys zuerschaffen: Twisted Tempo, der von einem anderen Freund von Masamune, Toby, kontrolliert wird. Als Tempo die natürliche Energie der Beys, Spiralkraft, zur Zerstörung der Welt einsetzen soll, verursacht das eine Kernschmelze. Ginga und Ryuga verbünden sich und stoppen die Kernschmelze, während Masamune und Zeo den unter einer Gehirnwäsche stehenden Toby aufhalten und ihm seine Erinnerung wiedergeben.
